L’université Kasdi Merbah Ouargla tire ses origines de l’Ecole Normale Supérieure (E.N.S.) érigée par le Décret n° 65-88 du 22 mars 1988. En 1997, par le Décret n°159-97 du 10 mars 1997 est créé le Centre Universitaire de Ouargla qui regroupe désormais sous son autorité l’Institut national de Formation Supérieure en Agronomie Saharienne (INAFSAS – Décret n°337-97 du 10 septembre 1997) au côté des 05 instituts fondateurs :

• Institut d’Agronomie saharienne

• Institut des sciences exactes

• Institut de Droit et sciences politiques

• Institut des Lettres et Langues

• Institut des Sciences Economiques et Sciences Sociales

L’Université kasdi Merbah-Ouargla se compose actuellement de 10 facultés ; chacune d’elles compte  plusieurs départements conformément aux textes en vigueur, notamment le Décret exécutif n° 13-100 du 2 Joumada El Oula 1434 correspondant au 14 mars 2013 modifiant et complétant le Décret exécutif n° 01-210 du 2 Joumada El Oula 1422 correspondant au 23 juillet 2001 portant création de l’université de Ouargla.. Le nombre et la vocation des facultés composant l’Université Kasdi Merbah Ouargla sont fixés comme suit :

1. Faculté des Mathématiques et des Sciences de la Matière (FMSM)
2. Faculté des Nouvelles Technologies de l’Information et de la Communication (FNTIC)
3. Faculté des Sciences Appliquées (FSA)
4. Faculté des Hydrocarbures, des Energies Renouvelables, des Sciences de la Terre et de l’Univers (FHERSTU)
5. Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie (FSNV)
6. Faculté des Sciences Economiques, Commerciales et des Sciences de Gestion (FSECSG)
7. Faculté de Droit et des Sciences Politiques (FDSP)
8. Faculté des Lettres et des Langues (FLL)
9. Faculté des Sciences Humaines et Sociales (FSHS)
10. Faculté de Médecine (FM)

et deux instituts à savoir:

1. Institut des Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives (ISTAPS)
2. Institut de Technologie (IT)

Le rectorat de l’Université Kasdi Merbah Ouargla se situe sur la route de Ghardaïa. 

Trois grands campus composent l’architecture principale de l’Université.  Depuis le 05 septembre 2005, l’Université porte désormais le nom de "Université Kasdi Merbah Ouargla".