تتكفل بما يأتي :
- تحضير مشروع ميزانية الجامعة على أساس اقتراحات عمداء الكليات و مديري المعاهد و الملحقات.
- متابعة تنفيذ ميزانية الجامعة.
- تحضير تفويض الاعتمادات إلى عمداء الكليات و مديري المعاهد و الملحقات و ضمان مراقبة تنفيذها.
- متابعة تمويل أنشطة البحث التي تضمنها المخابر و الوحدات.
- تحسين محاسبة الجامعة.
تشمـل هــذه المديرية الفرعية المصالح الآتيـة :
- مصلحة الميزانية و المحاسبة.
- مصلحة تمويـل أنشطـة البحث.
- مصلحة مراقبة التسيير و الصفقات.